1923年尹昌龄执掌成都慈惠堂时，这座始创于清雍正年间的善堂已濒临破败，普济堂、育婴堂等附属机构亏蚀残败，仅靠百余亩田产的微薄租税勉强维持，三百余孤贫老弱朝不保夕。据《尹昌龄事略》记载，他接手后首推改革，裁撤各零散机构统一归慈惠堂管理，厘清田宅租税账目，让慈善运营走向规范。

面对善堂资金匮乏的核心困境，他打破“坐吃山空”的传统赈济模式，开创“实业养善”之路。川督杨森将仅有2万元资金的惠昌火柴厂划归慈惠堂后，尹昌龄四方筹措资金至20万元，更名培根火柴厂，生产无毒的“娃娃牌”“扇牌”火柴，凭借物美价廉迅速占领市场，成为抵制洋货的国货代表。火柴厂盈利后，他接连创办培根工厂、民生工厂，开设织布、缝纫、石印、木器等手工业作坊，让受助者通过劳作获得收入；又置办果园、农场，形成“生产-盈利-助学济贫”的良性循环。至其晚年，慈惠堂已拥有田产8348亩、房屋249间、独院24所，资产达两千万元，成为全川规模最大的民间慈善机构，这份成就被《益州书画录》赞为“全川慈善事业之冠”。

尹昌龄的慈善精神，不仅在于开创实业养善的模式，更在于他二十载执掌富甲一方的慈惠堂，却始终坚守“廉直奉公，不谋私利”的初心，这份品格被史料反复记载，成为后世楷模。据《国史馆馆刊》记载，他主持慈惠堂期间，终身不领一文薪金，日常办公往返从不坐轿，即便因故不能回家吃饭，也必嘱家人送饭，绝不占用善堂分毫；慈惠堂的果园紧邻其住宅，旁人劝他摘果尝鲜，他直言“吾当保其实以润孤穷，敢自甘乎？”；连跟随他的爱犬，因被善堂伙房偶喂食物，也被他严厉斥责“分食他人碗中物，大不该”。

他常对下属说：“慈善机构的钱是济贫救命的，若有亏空，天理不容。”为守护善堂资产，他在居所构筑防空垒，将慈惠堂的文契、簿籍、钱款悉数存放其中，亲自掌管钥匙；弥留之际，他郑重嘱咐老妻：“慈惠堂财产账目切勿轻启，待举公正者任事时，始办移交。”

其去世后，家人按其遗愿召集耆老，将钥匙交予继任者张澜等人，开箱清点时，众人见善堂资产分毫未损，无不耸叹感服。这位二十载活万民的慈善家，离世时竟家无余财，连丧事都需慈惠堂的孤寡老人凑钱主办，成都十二桥烈士王干青作《吊尹仲老》诗赞曰：“家无半亩居，人得广厦庇，余身二十年，存活亿亿万计”，精准概括了他的一生。